因應企業委外代工型態，財政部從寬核認研究發展費用的抵稅權。國外關係企業如純屬代工，不涉及銷售等行為，企業只要將研發成本反映在產品的「超額利潤」，即可免申報研發成果權利金收入，研發抵稅權不會再被剔除。
促進產業升級條例租稅減免措施已在98年底施行期滿，過渡期間仍有部分企業可繼續適用已享有、但尚未屆滿的租稅優惠。促產條例施行期間，國內企業研發投抵比率高達30%，由於部分企業將研發成果，交由國外關係企業代工，但未依規定申報權利金收入，導致連帶賠上研發抵稅權，徵納爭訟不斷。
財政部認為，企業因應全球化競爭環境，採專業分工方式，將部分非核心業務或生產製程委外代工已成趨勢，但公司研發支出既已享有30%的投抵租稅優惠，當企業未能將研發成果供自行生產銷售獲取利潤，而提供他人製造使用時，即應取得合理的權利金或其他合理報酬，以符合收入成本費用配合原則，並繳納所得稅。
不過，因企業委外代工型態極為多元，經業者再三反映後，財政部同意，企業委外代工，國外關係企業代工廠如僅單純受託加工，並依我國公司指示生產及使用其研發成果，雙方僅約定收取加工費，但未收取權利金，其研發成果所應享有利潤，只要舉證已透過產品銷售並將利潤歸屬我國公司，即可保有抵稅權。
財部也已修正發布「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法審查要點」第7點增訂但書規定，公司負責研發、收受訂單及銷售，其研發成果提供給代工生產的國外或大陸地區關係企業製造或使用，未收取合理權利金或其他合理報酬，如能提示足資證明已將合理利潤留在該公司的移轉訂價文據，經稅務機關查核屬實，仍可適用投資抵減。
這項規定下，目前仍在行政救濟程序中的相關案件，業者只要舉證雙方純屬代工性質，國外關係企業除依國內研發成果製造產品，既不接單，沒有出貨給客戶等行為，也可適用保有抵稅權的從寬規定。
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| 圖／經濟日報提供 |
促進產業升級條例租稅減免措施已在98年底施行期滿，過渡期間仍有部分企業可繼續適用已享有、但尚未屆滿的租稅優惠。促產條例施行期間，國內企業研發投抵比率高達30%，由於部分企業將研發成果，交由國外關係企業代工，但未依規定申報權利金收入，導致連帶賠上研發抵稅權，徵納爭訟不斷。
財政部認為，企業因應全球化競爭環境，採專業分工方式，將部分非核心業務或生產製程委外代工已成趨勢，但公司研發支出既已享有30%的投抵租稅優惠，當企業未能將研發成果供自行生產銷售獲取利潤，而提供他人製造使用時，即應取得合理的權利金或其他合理報酬，以符合收入成本費用配合原則，並繳納所得稅。
不過，因企業委外代工型態極為多元，經業者再三反映後，財政部同意，企業委外代工，國外關係企業代工廠如僅單純受託加工，並依我國公司指示生產及使用其研發成果，雙方僅約定收取加工費，但未收取權利金，其研發成果所應享有利潤，只要舉證已透過產品銷售並將利潤歸屬我國公司，即可保有抵稅權。
財部也已修正發布「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法審查要點」第7點增訂但書規定，公司負責研發、收受訂單及銷售，其研發成果提供給代工生產的國外或大陸地區關係企業製造或使用，未收取合理權利金或其他合理報酬，如能提示足資證明已將合理利潤留在該公司的移轉訂價文據，經稅務機關查核屬實，仍可適用投資抵減。
這項規定下，目前仍在行政救濟程序中的相關案件，業者只要舉證雙方純屬代工性質，國外關係企業除依國內研發成果製造產品，既不接單，沒有出貨給客戶等行為，也可適用保有抵稅權的從寬規定。
