企業抵稅權必須小心使用，抵過頭會被最低稅負補稅加罰「吐」回來。財政部明令，因為使用投資抵減等抵稅額，導致一般稅額較基本稅額低者，未主動報繳最低稅負者，除補稅外，還要加罰三倍以下罰鍰。
舉例來說，假設甲公司98年度營利事業課稅所得額為5,000萬元，應納稅額為1,249萬元，當年度雖然並無所得基本稅額條例第7條第1項各款規定的免稅所得，但甲公司申請適用股東投資抵減稅額789萬元，以致算出一般所得稅額為460萬元（即應納稅額1,249萬元減抵稅額789萬元）。
甲公司按一般所得稅額460萬元繳稅，卻未申報最低稅負。財政部指出，因為甲公司當年度有依規定應課稅的所得額5,000萬元，依法必須申報最低稅負，其應納基本稅額為480萬元【（所得額5,000萬元-免稅額200萬元）×10%】。
由於甲公司的一般所得額460萬元低於基本稅額480萬元，依規定必須另補20萬元的最低稅負所得稅。
財政部說，甲公司若在申報時自動減少20萬元的抵稅權扣除額，將使一般所得稅與基本稅額應納稅款趨於一致，不但不須被基本稅額回補稅款至國庫，也不會因漏報基本稅額被罰三倍以下的稅款。
根據財政部最新規定，這類先行使抵稅權，導致一般稅額低於基本稅額者，經稅捐機關查獲，再主張要更正調減抵稅額者，一律都不受理，除補稅外，均再加罰。財政部提醒企業，小心慎用抵稅權，千萬不要抵過頭。
財政部提醒營利事業，已申報適用投資抵減稅額者，縱然沒有所得基本稅額條例第7條第1項各款規定的免稅所得，即應同時計算一般所得稅額及基本稅額。
當基本稅額大於一般所得稅額者，差額即屬營利事業結算申報應自行繳納的基本稅額。企業如僅辦理所得稅結算申報，未依法申報及繳納基本稅額就會被罰。
