企業支付員工健康檢查費，未必都要視為員工薪資所得課稅，財政部指出，具法令強制性的健檢費支出補助，即免列入取得員工薪資課稅。
財政部表示，營利事業依照勞工安全衛生法第12條第1項規定，對於在職勞工應施行的定期健康檢查，及對於從事特別危害健康的作業者，應定期施行特定項目的健康檢查，依法須負擔的健康檢查費，可免列為員工的薪資所得。
財政部解釋，由於這類具有強制性的健康檢查，與一般定期健診性質有別，可適用營利事業所得稅結算申報查核準則第81條第5款及第8款規定核實認定，列為職工福利，不視為勞工薪資所得。至於公、教、軍、警、公私事業的職工，由服務單位支領或給付的健康檢查費，因屬職務上取得的補助費，核屬所得稅法第14條第1項第3類的薪資所得，依法應併計取得年度綜合所得總額課稅。
財政部強調，營利事業補助員工的健康檢查費用，並不因是由員工檢據核銷，或由服務單位直接支付健檢機構而有不同，都應列為員工薪資所得課稅。財政部也提醒營利事業，在支付職工健康檢查費用時，必須分辨補助費或健檢費性質，確實依法辦理扣繳。
