為吸引國輪回籍，今年我國開始實施海運噸位稅，航運業者明（101）年5月報稅，可用噸位稅代替營所稅。但接軌國際會計準則（IFRS）後，噸位稅的性質不能再算成「所得稅」，可能影響海運業者「稅前盈餘」表現。
為刺激經濟，目前許多海運興盛的西歐國家祭出租稅獎勵，允許航運公司以噸位稅取代營利事業所得稅。
噸位稅是以「船舶噸位數」計算稅額的制度，不論海運公司是否賺錢，都要繳交固定稅額。根據我國所得稅法，海運業者可選擇現行營利事業所得稅，也可選擇採用噸位稅。
不過，接軌IFRS後，噸位稅這筆支出，在財報中不能再當成所得稅。根據IFRS的IAS 12「所得稅」公報，只有企業總體所得為基礎的稅額計算，才能在IFRS財報中認作所得稅；噸位稅制度是根據公司資產（船舶的噸位數）來計算稅額，每年稅負支出不會依盈虧而有改變，不能算是「所得稅」，在財報中須改列成本費用。
會計師指出，對海運業者來說，採用噸位稅，雖可省下近九成的稅負，但這筆稅務支出在財報改列費用，卻可能讓稅前盈餘數字下滑，但稅後純益不受影響。
