財政部表示，分公司是法人組織的分支機構，本身不具有獨立人格，不能成為權利義務主體，因此，分公司申請營利事業歇業登記經核准者，無須在十日內向稽徵機關辦理扣繳憑單申報。
依據所得稅法第92條規定，扣繳義務人應在每年1月底前將上一年內扣繳各納稅義務人的稅款數額，開具扣繳憑單，彙報稽徵機關查核；並應在每年2月10日前，將扣繳憑單填發交由納稅義務人辦理綜合所得稅結算申報。
財政部指出，依法營利事業如有解散、廢止、合併或轉讓，或機關、團體裁撤、變更時，扣繳義務人應隨時就已扣繳稅款數額，填發扣繳憑單，並在十日內向該管稽徵機關辦理申報。
分公司申請營利事業歇業（註銷）登記經核准，並非屬於所得稅法所稱的解散、合併、廢止或轉讓，並不適用所得稅法第92條第1項但書的規定。
財政部提醒企業，分公司在年度中辦理營利事業歇業（註銷）登記經核准者，其已扣繳的稅款應由總公司在次年1月底前彙總申報稽徵機關，若未依法辦理且涉有短漏報情事者，仍將被處罰。
