全台約80萬名軍公教人員，每月薪資暗藏免稅優惠。財政部以行政命令賦予公務人員的主管職務加給享有免稅待遇，14職等以下事務官員，每月薪資中約有4,000元至3.6萬餘元收入，不必繳納所得稅。
近期已有立法委員注意到軍公教人員按月固定領取的職務加給，未納入薪資課稅現象，並已提案修改所得稅法，刪除公務人員職務加給比照「特支費」享有免稅的優惠。財政部原則同意這項修法案，但亦要求需與人事行政局與主計處釐清「主管職務加給」的所得性質後，再確定應否對公務人員主管職務加給課稅。
財政部在民國76年10月發布一紙行政命令指出，全國軍公教人員待遇支給辦法第4條第2款第1目規定支給的「主管職務加給」，既已在條文內加註：「即原主管特支費」字樣，應准繼續適用特支費規定，免納所得稅。在此之前，主管職務加給原本也沒有課稅。
根據人事行政局所訂公務人員主管職務加給表，公務人員按職等不同，主管職務加給的金額也有高低之別，以普考等新進五職等稅務員為例，其每月職務加給為3,740元；14職等常務次長每月可領取的職務加給為3萬6,260元。
近期民進黨立委高志鵬等19人連署提案修改所得法，將軍公教人員職務加給排除在「特支費」的範圍。立委主張主管職務加給固定每月領取，屬於常態性薪資，與非固定領取，且需要單據實報實銷的特支費性質大不相同，職務加給沒有免稅的特權。
依據推估，以14職等事務官每月領取3.6萬餘元主管職務加給為例，一年的「免稅所得」即達43.5萬元，如按適用稅率30%計算，年省所得稅達13萬元；五職等文官每年的免稅所得也約有4.5萬元。
財政部官員認為，主管職務加給過去被視為與特支費性質相近，免稅並非「自肥」，目前應先釐清主管職加給的性質，如果不符合所得稅法第4條5款所指的「特支費」，財政部也贊成對主管職務加給課稅。
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