98年度以前適用促進產業升級條例的研究發展投資抵稅支出，尚未抵減完的餘額，財政部已訂定抵稅原則，採「先新後舊」順序，優先抵減產業創新條例的研發抵稅額，且兩者合計可抵減上限，不得逾當年應納稅額的50%。
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| 圖／經濟日報提供 |
其中，適用產創新條例的研發支出可抵減稅額，以不超過當年應納稅額的30%為限；餘額再由已廢止的促產條例尚未抵減的研發支出餘額申報扣減。這項抵稅原則對獲利高、研發支出大的企業，較為有利。
例如甲公司99年度應納營利事業所得稅稅額是600萬，屬產業創新條例的研發投抵金額為80萬；適用98年度前促產條例的研發支出抵減餘額是100萬。
依據財政部抵稅順序，促產加計產創條例總研發投抵金額上限，為99年度應納營所稅總額600萬元的50%，即300萬元。
以「先新後舊」原則，由產創條例的投抵稅額優先扣抵。產創的研發投抵稅額可抵稅上限，是當年度應納營所稅額的30%（600萬元x30%）即180萬元，甲公司99年屬於產創的研發抵稅額是80萬元，因未超過180萬元，可全數抵減。
扣減完80萬元的產創研發投抵稅額後，甲公司總計300萬元抵稅額還有剩餘220萬元的抵稅空間，即可供促產條例研發抵稅額抵扣。甲公司99年屬於促產部分的抵稅額是100萬元，未超過220萬元，所以也可全數扣除。合計甲公司99度申報的研發抵稅總額是180萬元。
產創條例自99年元旦起，取代促產條例提供企業租稅減免優惠，促產條例時期的各項減稅利益，至產創條例生效後，僅研發支出的投資抵減權利受到保留，但兩者的抵稅額與抵減方式並不相同。為統一企業申報抵減促產時期尚未抵減完研發抵稅權，財部日前訂定抵稅原則。這項規定也適用特殊會計年度企業，但其抵減限額是以當年度營所稅額按50%及30%（產創投抵限額），分別依公司適用促產及產創條例的期間， 占全年度比例加權平均計算。
