營利事業應該開發票沒有開、應該拿發票沒有拿、應該保存發票等交易憑證卻沒有保存，都屬於違規行為，財政部說，如果三種情形同時發生在一家營利事業，罰鍰上限100萬元須分別計算，合計罰鍰總額不受100萬元的限制。
財政部舉例，A企業99至100年間銷售鋼材，經國稅局查獲未依規定開立應稅統一發票交付買受人，未開發票總金額為3,000萬元。
同時國稅局還查獲A企業同時也有未依規定取得憑證及保存憑證等情事，其各別違章認定的總額分別是2,500萬元及1,800萬元。
財政部說，這家營利事業總計違反三項行為罰，每一項罰鍰上限為100萬元。A企業需要繳納的罰鍰總共是290萬元。
包括，未依規定給與他人憑證部分，未開發票並交付買受人的金額是3,000萬元，其應論處罰鍰金額原應是150萬元（3,000萬元X5%=150萬元），但受稅法規定處罰金額上限以100萬元為限的限制，只能處罰100萬元。
另外，未依規定取得憑證及保存憑證部分，則分別是100萬元（2,500萬元X5%=125萬元，處罰金額上限為100萬元）；及90萬元（1,800萬元X5%=90萬元），總計罰鍰金額為290萬元（即100萬元＋100萬元＋90萬元）。
